- a -

• analyse() : Population< T >

- b -

• burnin() : Population< T >

- c -

• check_parameters() : Simulation

- d -

• dist_two() : DNA
• diversity_A() : Population< T >
• diversity_mtdna() : Population< T >
• diversity_X() : Population< T >
• diversity_Y() : Population< T >
• DNA() : DNA

- e -

• evolve() : Population< T >
• evolve_gene() : Population< T >
• export_file() : Simulation

- g -

• get_generation() : Population< T >
• get_inbreeding() : Population< T >
• get_matingSystem() : Population< T >
• get_muA1() : Population< T >
• get_muA2() : Population< T >
• get_muMt1() : Population< T >
• get_muMt2() : Population< T >
• get_muX1() : Population< T >
• get_muX2() : Population< T >
• get_muY1() : Population< T >
• get_muY2() : Population< T >
• get_nb_children() : Population< T >
• get_nb_mates() : Population< T >
• get_nbCrumbNuc() : Humandna
• get_nbFemale() : Population< T >
• get_nbHuman() : Population< T >
• get_nbMale() : Population< T >
• get_nbS() : DNA
• get_nbXcell() : DNA
• get_nSimu() : Simulation
• get_pop() : Population< T >
• get_popsizeDemo() : Population< T >
• get_sizeMt() : Population< T >
• get_verbose() : Simulation
• getFather() : Human
• getNbChild() : Human
• getNbMate() : Human

- h -

• hadChild() : Human
• hap_frequency() : DNA
• haplotypes() : DNA
• header_write() : Simulation
• heterozigosity_hap() : DNA
• heterozigosity_sites() : DNA
• Human() : Human
• Humandna() : Humandna
• Humanmt() : Humanmt

- l -

• load_directory() : Simulation
• load_file() : Simulation

- m -

• mean_pw_diff() : DNA

- n -

• nb_of_haplotypes() : DNA
• Neff() : DNA
• newMate() : Human

- o -

• operator=() : DNA , Human , Humanmt , Population< T > , Humandna , Simulation
• output_arlequin() : DNA
• output_diversity() : DNA , Population< T >
• output_diversity_with_time() : DNA
• output_fasta() : DNA
• output_genealogy() : Population< T >
• output_nb_child() : Population< T >
• output_nb_mates() : Population< T >
• output_pop_size() : Population< T >

- p -

• pairwise_distance_mtdna() : Population< T >
• poly_sites() : DNA
• polySites() : Population< T >
• polySites_mtdna() : Population< T >
• Population() : Population< T >
• print_help() : Simulation
• prop_poly_sites() : DNA

- r -

• reborn() : Human , Humandna , Humanmt
• reset() : Humanmt , Human , Humandna
• resize() : Population< T >

- s -

• set_arlequin_on() : Simulation
• set_burninT() : Simulation
• set_diversityX() : Simulation
• set_dnaComplexity() : Simulation
• set_fasta_on() : Simulation
• set_fileoutput() : Simulation
• set_genealogy_on() : Simulation
• set_growthFactor() : Population< T > , Simulation
• set_header_on() : Simulation
• set_inbreeding() : Population< T > , Simulation
• set_matsys() : Simulation
• set_mu() : Population< T > , Simulation , Population< T >
• set_nSimu() : Simulation
• set_nstep() : Simulation
• set_popsize() : Simulation
• set_sample() : Simulation
• set_save_on() : Simulation
• set_seed() : Simulation
• set_sizeMt() : Simulation
• set_step() : Simulation
• set_verbose_on() : Simulation
• SFS() : DNA
• SFS_DNA() : DNA
• Simulation() : Simulation
• site_frequency() : DNA
• site_frequency_DNA() : DNA
• subsample() : Population< T >
• subsample_female() : Population< T >
• subsample_male() : Population< T >

- t -

• tajima_D() : DNA
• test() : Population< T >
• theta_waterson() : DNA

- w -

• write_fasta() : Population< T >
• write_nexus() : Population< T >
• write_smartFormat() : Population< T >
• write_txt_pop() : Population< T >

- ~ -

• ~Human() : Human
• ~Humandna() : Humandna
• ~Population() : Population< T >
• ~Simulation() : Simulation